Lilongwe, la capitale du Malawi se situe dans le sud-ouest du pays, près de la frontière entre le Mozambique et la Zambie. Le village d'enfants SOS de Lilongwe est situé à environ 4 km au sud de la capitale. La végétation de la région est plutôt pauvre et ne se compose que d'arbustes et de buissons clairsemés. Le sable rouge, typique de cette région, forme, avec le vert des plantes qui ont été semées, un contraste des plus éclatants. L'inauguration officielle a eu lieu le 12 septembre 1996 en présence du président de Malawi et de nombreux invités d'honneur.
Le village d'enfants SOS de Lilongwe se compose de 12 maisons familiales qui peuvent accueillir 120 enfants, d'un bâtiment administratif, d'une salle polyvalente, d'un moulin à grains, de la maison du directeur du village et des maisons pour les tantes SOS (des mères SOS en formation ou des assistantes familiales, qui aident les mères SOS dans les tâches quotidiennes ou les remplacent en cas de maladie ou pendant les vacances). Le jardin d'enfants SOS et l'école primaire SOS Hermann Gmeiner sont opérationnels depuis 1994. Près de 180 enfants fréquentent les six classes du jardin d'enfants. L'école primaire compte vingt classes, une bibliothèque et un terrain de sport et accueillent 670 enfants. Les terrains de volley, de tennis, de basket et de football sont utilisés par les enfants pendant leurs loisirs. En 1997, un centre médical SOS a été construit et déjà été agrandi deux fois. Désormais, la clinique comprend cinq salles de consultation et de soins, un laboratoire, un centre de traitement de tuberculose et de thérapie anti-rétrovirale. Le centre de thérapie s'occupe en priorité des enfants handicapés et propose des soins en physiothérapie, orthophonie et en ergothérapie. L'école secondaire SOS Hermann Gmeiner a ouvert ses portes en mars 1998; elle comprend treize classes, un laboratoire, un atelier et une salle pour les travaux ménagers et propose une scolarité à près de 520 adolescents. Pour satisfaire aux besoins du nombre grandissant de jeunes qui ont quitté le village d'enfants SOS, un foyer de jeunes SOS a été établi en 2000 où près de 48 jeunes peuvent rester jusqu'à la fin de leurs études secondaires ou de leur formation professionnelle et se préparer à vivre de façon indépendante.
Depuis janvier 2002, un centre social SOS coordonne un programme de renforcement des familles. Il s'adresse à quelque 2 000 personnes par an, leur permet l'accès à des services essentiels au développement de l'enfant (par exemple un soutien en matière d'éducation, de nutrition et de santé, des compétences sociales) et aide les familles avec des activités génératrices de revenus et en leur proposant un soutien pour améliorer leurs compétences parentales. Un centre de formation professionnelle pouvant accueillir 140 jeunes a été établi en juillet 2004, comprenant une cuisine pour les classes d'agronomie, trois classes pour le secrétariat, des salles d'ordinateurs et des cours pour mener une entreprise, six classes de charpenterie, de couture, de métallurgie, de réparations de machines, de plomberie, et d'agriculture avec des terres cultivées et une échoppe pour vendre les marchandises.