Le besoin en institutions sociales pour orphelins augmente fortement en Ouganda. Cela s'explique à la fois par l'épidémie de sida, par l'exode rural et par la dissolution des structures familiales traditionnelles. La première pierre du deuxième village d'enfants SOS d'Ouganda fut posée à l'automne 2002 à Entebbe et le village fut inauguré en janvier 2004 en présence du Président ougandais Yoweri Museveni et du Président de SOS-Kinderdorf International Helmut Kutin. Parallèlement, le jardin d'enfants SOS adjacent a ouvert ses portes.
Toutes les institutions SOS en Ouganda comprennent un programme de renforcement des familles géré par les centres sociaux SOS de Kakiri, Entebbe et Gulu. Le programme de renforcement des familles vient en aide aux enfants qui risquent de perdre la prise en charge parentale afin qu'ils puissent rester dans leurs familles pour ce faire, le village d'enfants SOS travaille en étroite coopération avec les familles et les gouvernements locaux et les aide dans leurs efforts à prendre en charge et à protéger les enfants du mieux possible. Ce genre de travail préventif a été organisé avec les autorités locales et d'autres partenaires. D'autres projets à Entebbe et Kakiri et un nouveau village d'enfants SOS à Fort Portal sont prévus.
La nécessité de construire un second village d'enfants SOS s'imposa peu après l'achèvement du premier. Le choix de l'emplacement du second village d'enfants SOS se porta sur Entebbe, deuxième ville du pays, en raison de la présence des infrastructures nécessaires. Entebbe compte 90 000 habitants et se situe sur une péninsule, à seulement 35 kilomètres de la capitale. La bande de terre reliant la péninsule à la zone administrative de Mpigi ne fait que quelques centaines de large. Entebbe abrite l'aéroport international, qui a fait parler de lui en 1976 lorsque l'armée israélienne a participé à la libération de passagers qui avaient été pris en otages.
Le choix d'Entebbe pour construire le deuxième village d'enfants SOS du pays a permis non seulement de garantir une bonne formation et des possibilités d'emploi aux jeunes, mais aussi de trouver un emplacement pour le bureau national SOS en Ouganda, dont l'établissement était devenu nécessaire pour coordonner les activités dans le pays. Pour se rendre au village d'enfants SOS en partant de l'aéroport international d'Entebbe, il faut prendre la voie rapide conduisant à Kampala sur 9 km. L'entrée du village d'enfants SOS d'Entebbe se trouve directement à droite de la voie rapide, juste à côté du quartier commerçant d'Abayita Ababiri.
Le village d'enfants SOS se compose de douze maisons familiales, de la maison du directeur du village, de la maison des tantes SOS (des mères SOS en formation ou des assistantes familiales, qui aident les mères SOS dans les tâches quotidiennes ou les remplacent en cas de maladie ou pendant les vacances), d'une maison pour les invités, d'une salle polyvalente avec bibliothèque et d'une partie administrative et de service. Le village d'enfants SOS peut héberger 120 enfants au maximum.
Le jardin d'enfants SOS sur le même site a ouvert ses portes en 2003. Il comprend trois classes, une classe Montessori, une cuisine, un terrain de jeux et diverses pièces annexes. Il accueille actuellement 110 enfants venus aussi bien des enfants du village d'enfants SOS que des environs.
Le centre social SOS de Gulu a ouvert ses portes en juin 2002. Il comprend une salle de réunion, un bureau et une tente qui accueille la garderie. Actuellement, 50 enfants de mères célibataires y sont pris en charge. Le centre social SOS apporte son soutien en matière de santé, de nutrition et d'éducation. En outre, environ 200 enfants bénéficient régulièrement d'un soutien psychologique. Le centre social SOS de Gulu aide également les mères et les jeunes sans parents à trouver des activités génératrices de revenus.