Le second village d'enfants SOS rwandais, Gikongoro, est situé au sud du pays, à environ 160 km de la capitale Kigali. Il se trouve au centre de la ville du même nom et il est facile d'y parvenir par la route nationale de Butare-Gikongoro-Cyangugu. Le village fut habité dès 1992, mais en raison des troubles de la guerre, ce n'est que le 3 mai 1999 qu'il fut officiellement inauguré. Le village d'enfants SOS de Gikongoro se compose de 12 maisons familiales, qui peuvent accueillir jusqu'à 10 enfants chacune, de bâtiments administratifs, de la maison du directeur, de la maison des tantes SOS (des mères SOS en formation ou des assistantes familiales, qui aident les mères SOS dans les tâches quotidiennes ou les remplacent en cas de maladie ou pendant les vacances), d'un terrain de sport, d'un jardin d'enfants SOS, et d'une école SOS Hermann Gmeiner (école primaire).
Le jardin d'enfants SOS a ouvert ses portes le 4 janvier 1993 et accueille dans ses trois classes 150 enfants venus également des environs. La partie la plus importante de l'institution est bien sûr le terrain de jeux, où les petits peuvent courir, grimper, faire de la balançoire et du toboggan.
L'école SOS Hermann Gmeiner (école primaire) a ouvert ses portes en septembre 1992. Un peu plus de 200 enfants reçoivent des cours dans six classes. En raison des besoins importants en institutions pédagogiques, la construction de six classes supplémentaires est prévue; une salle de sciences et de technologie, un bureau pour le directeur d'école, une infirmerie et des infrastructures sanitaires doivent très bientôt compléter l'école déjà existante.